科学家创建了高质量的棘鱼染色体水平参考基因组

棘鱼俗称鲫鱼目红鲂，是一种典型的洄游性鱼类，在秋末冬初进行近海越冬洄游，春季返回近岸地区产卵。

它有着雪白的腹部，红褐色的身体，鳃下面长着一对色彩缤纷、闪烁着绿色荧光的“蝴蝶翅膀”。这些翅膀下面有三对类似芭蕾舞演员脚的附肢。事实上，它们是六个独立的胸鳍，它们非常灵活，并且含有有助于觅食的味蕾。

为探究棘鲽独特形态特征和生态适应的进化机制，中国科学院海洋研究所张辉研究员课题组对其基因组进行了深度测序使用Illumina短读长、PacBio长读长和Hi-C技术。他们获得了长江口棘鳅的高质量染色体水平参考基因组。研究结果发表在7月12日的《科学数据》杂志上。

结果表明，C.spinosus基因组大小约为624.7Mb，contigN50长度约为13.77Mb，scaffoldN50长度约为28.11Mb。最初组装的序列中99.29%成功锚定到24条染色体上，基因组包含35.96%的重复序列和8,235个非编码RNA。

总共预测了25,358个蛋白质编码基因，其中24,072个基因(94.93%)得到了功能注释。共线性分析显示，C.spinosus和Cyclopteruslumpus之间存在显着的共线性，表明这两个物种之间可能存在密切的系统发育关系。

该研究的第一作者王一邦说：“组装的基因组序列可以为阐明棘齿蝽的遗传适应和潜在分子基础提供有价值的信息，这可用于为该物种建立更有效的管理和保护策略。”

张教授补充道：“这些基因组数据还可用于未来的比较基因组学和系统发育研究，这可能有助于了解蝎形目和其他硬骨鱼和脊椎动物的基因组进化和系统发育。”